Pomponazzi produce variadas incomodidades historiográficas. En primer lugar, es un férreo aristotélico en un mundo filosófico que durante dos siglos se dedicaría, al menos sus figuras más conocidas, a denostar un aristotelismo mortalmente lastimado por la cosmología galileana. En segundo lugar, la asociación de Pomponazzi al libertinismo ha podido relegarlo del canon filosófico así como producir que, por su carácter heteredoxo, la detección de su influencia resulte más complicada. Este desconocimiento de una obra filosóficamente densa y estructurada impide defender una idea muy querida por la historiografía progresiva –que tantos seguidores, quizá inconscientes, todavía tiene en el mundo hispánico–, según la cual la filosofía de un determinado tiempo histórico siempre tiene en cuenta las aportaciones filosóficamente relevantes de su pasado.
¿Cuál es la postura de Pomponazzi acerca del tema de la inmortalidad del alma? La respuesta se desarrolla en tres niveles diferentes. En primer lugar, como filósofo aristotélico, Pomponazzi se preocupa por señalar cuál es la postura que sobre esta cuestión defiende el Filósofo. Por ejemplo, en el prólogo, parece que la postura de Santo Tomás de Aquino no es negada filosóficamente sino que se la rechaza por no estar de acuerdo con las obras del Estagirita: «dijiste que la posición de Santo Tomás de Aquino acerca de la inmortalidad del alma, aunque no la discutías de ningún modo como verdadera y en sí muy firme, sin embargo pensabas que en absoluto estaba en consonancia con las palabras de Aristóteles». Un motivo fundamental para desestimar la doctrina de Averroes acerca de la unidad del intelecto agente descansa sobre su falta de respeto a los textos aristotélicos. Desde el punto de vista filosófico, Pomponazzi rechaza que exista una única y común alma intelectiva para todos los hombres. En relación con la condena pontificia, esta postura carece de un especial interés pues existe una total armonía entre la bula y la filosofía del mantuano.
El segundo nivel de lectura es el de las verdades de que la filosofía por sí sola puede alcanzar. Se puede decir que aquí comienzan los problemas interpretativos. Para Pomponazzi, la razón no puede alcanzar el conocimiento de la inmortalidad del alma. La duda estriba en si la razón puede determinar que el alma es mortal. Si nos atenemos a la pormenorizada y brillante crítica a los argumentos a favor de la inmortalidad recogidos en el capítulo XIV –el más erudito y agudo del libro–, estaríamos obligados a decir que, racionalmente, hay que defender que el alma es mortal. Sin embargo, el comienzo del capítulo XV obliga a una consideración más cauta pues ahí se juzga que la razón, también desde el punto de vista natural, puede dar argumentos a favor de la inmortalidad. Pomponazzi simplemente omitiría repetirlos pues en las obras de Santo Tomas están escritos. De este modo, la estructura del problema de la inmortalidad del alma coincidiría con el de la eternidad del mundo en la filosofía tomista.
Tanto como si la razón natural declara que el alma es mortal como si la solución a este problema queda en tablas, Pomponazzi define finalmente su postura no tanto como filósofo sino como teólogo o, más precisamente, como fiel cristiano. Como en el último capítulo, Pomponazzi defiende que el alma es inmortal porque Jesucristo «manifestó con su palabra y con su obra que el alma es inmortal», la postura de Pomponazzi ha sido considerada o fideísta o de la doble verdad. Hay razonamientos a favor de la veracidad de este fideísmo. Por ejemplo, en el caso de que Pomponazzi no diga que la razón niega la inmortalidad del alma, su postura no sólo no sería fideísta, sino que no existirían incompatibilidades con el texto de la bula. En cualquier caso, la radicalidad del capítulo XIV hace que estas interpretaciones –a favor de la sinceridad del fideísmo o partidarias de que la razón llega a un punto muerto en la cuestión de la inmortalidad del alma– siempre pendan de un hilo.
